Záhony szerepének, az átrakókörzet kialakulásának teljes megértéséhez talán nem érdektelen a térséget az ország vérkeringésébe bekapcsoló vasúthálózat kialakulásának rövid történeti áttekintése.
A Magyar Középponti Vasút 1847-ben átadott Pest-Szolnok vasútvonalát a Tiszavidéki Vasút építkezései követték keleti irányban. A Szolnok - Debrecen szakaszt 1857-ben, a Debrecen - Nyíregyháza vonalszakaszt pedig 1859-ben adták át a forgalomnak. A Magyar Északkeleti Vasút építkezéseivel, így a Nyíregyháza - Kisvárda szakaszt 1872-.ben, a Kisvárda - Csap szakaszt 1873-ban, míg a Sátoraljaújhely - Csap - Ungvár, a Csap - Királyháza és a Bátyu - Munkács vonalakat szintén 1872-ben adták át a forgalomnak.
A Magyar Államvasutak 1867. évi megalakulását követően államosítások révén a Tiszavidéki Vasút vonalai 1880-ban, a Magyar Északkeleti Vasút vonalai 1890-ben, míg az Osztrák - Magyar Államvasút Társaságtól a Pest - Cegléd vonalszakasz (a Cegléd - Szolnok szakasz megváltás révén már korábban a Tiszavidéki Vasúthoz került) 1891-ben a MÁV tulajdonába került.
Záhony szerepe a Második Világháború után a magyar területek legutóbbi szétosztásával értékelődött fel. Új keleti szomszédként Csehszlovákia helyett az ország a Szovjetunióval lett határos. A szovjet vasutak az orosz birodalmi vasút utódjaként a széles nyomtávolságú vasúti pályát építette ki.
Ennek következtében elmulasztották a háború utáni újjáépítés alkalmával egy európai rendszerbe integrálható vasúthálózat kiépítését és szükségessé tették a határátmeneteken átrakó pályaudvarok kialakítását.
A második világháborút követően Szovjetunió felé határállomássá vált Záhony életében gyökeres változások következtek. A két ország között fokozódó kereskedelmi kapcsolat a vasúti forgalmat a sokszorosára növelte és az eltérő nyomtávolság miatt szükséges átrakási igény a térség lakosságának munkaalkalmat jelentett, a vasút számára pedig folyamatos fejlesztési kényszert eredményezett.
Kezdetben a négyvágányos Záhony állomásra naponta átlag 700 tonna áru érkezett, melynek kézi átrakása nem okozott gondot. A fokozatosan növekvő szállítási és átrakási igényhez alkalmazkodva folyamatosan fejlődött a térség hatalmas átrakókörzetté. A széles- és normál nyomtávolságú vasúthálózat bővítésén túl jelentős technikai, technológiai fejlesztés történt, mely tartalmi és pénzügyi szempontból is elkülöníthető ütemekben történt.
Az 1952-ig tartó kezdeti időszak, majd az 1952-63-ig lezajlott első és az 1963-68. közötti második fejlesztési ütemben megvalósult - elsősorban mennyiségi - fejlesztések.
A harmadik fejlesztési ütem (1965-1977) a forgalmi, kiszolgálási technológia javítását célzó beruházásokat eredményezett:
Az 1974-1984 közötti negyedik fejlesztési ütemben forgalmi- és átrakóvágányok kapacitás-egyensúlyának megteremtése érdekében végeztek fejlesztéseket.
1981. és 1985. között az ötödik fejlesztési ütemben megvalósult beruházások.
- Fényeslitke - Északi rendező-pályaudvaron biztosító-berendezés létesítése,
- Záhony darabszámos áruátrakó fejlesztése,
- Eperjeske fedettkocsis ömlesztettáru-átrakó fejlesztése (szállítócsigás átrakó),
- új konténerdaru, rakodógépek, darabáru-átrakó berendezések üzembe helyezése,
- új tengelyátszerelő,
- számítástechnikai adatfeldolgozó és termelésirányítási rendszer fejlesztése.
1985. utáni legutóbbi időszakban zajlottak le az alábbi fejlesztések:
- a fővonal felépítménycseréje 54-es rendszerű sínekkel a Tuzsér-Záhony szakaszon,
- záhonyi gázátfejtő telep,
- tranzit fatároló-telep létesítése,
1990. évben bevezetésre került az elektronikus teljesítménybér elszámolási és nyilvántartási rendszer
2000. évben zajlott a Eperjeske átrakó pályaudvar csúszda teljes körű rekonstrukciója zajlott.
2007. évben 4 darab homlokrakodó került beszerzésére.
2011. évben az informatikai fejlesztések eredményeként minden munkaterület bekapcsolásra került a ZÁHONY-PORT Zrt. lokális informatikai hálózatába.
2012. évben beüzemelésre került két darab vasúti mérleg és kocsiszám leolvasó kamera rendszer